Il Centro adotta protocolli diagnostico/terapeutici in accordo con le linee-guida e le raccomandazioni delle principali società mediche internazionali.

I protocolli diagnostico/terapeutici riguardano le patologie più frequentemente rappresentate. Inoltre, dal mese di Agosto 2003, sono vigenti i profili assistenziali di reparto applicabili alla Sclerosi Sistemica.